โครงสร้างของอาเซียนจะประกอบด้วยส่วนสำคัญ ดังนี้

สำนักเลขาธิการอาเซียน (ASEAN Secretariat) 
            สำนักเลขาธิการอาเซียนได้จัดตั้งขึ้นตามข้อตกลงที่ลงนามโดยรัฐมนตรีต่างประเทศอาเซียน
ในระหว่างการประชุมสุดยอดอาเซียน ครั้งที่ 1 ในปี 2519 เพื่อทำหน้าที่ประสานงานและดำเนินงาน
ตามโครงการและกิจกรรมต่าง ๆ ของสมาคมอาเซียน และเป็นศูนย์กลางในการติดต่อระหว่างสมาคมอาเซียน คณะกรรมการ ตลอดจนสถาบันต่าง ๆ และรัฐบาลของประเทศสมาชิก
            สำนักเลขาธิการอาเซียนตั้งอยู่ที่กรุงจาการ์ตาประเทศอินโดนีเซียโดยมีหัวหน้าสำนักงานเรียกว่า “เลขาธิการอาเซียน” ซึ่งเมื่อเดือนกรกฎาคม 2545 ที่ประชุมรัฐมนตรีต่างประเทศอาเซียน ครั้งที่ 35 ได้แต่งตั้งนาย Ong Keng Yong” ชาวสิงคโปร์ เป็นเลขาธิการอาเซียนคนใหม่แทนนาย Rodolfo C. Severino Jr. เลขาธิการอาเซียนคนปัจจุบัน โดยจะมีวาระในการดำรงตำแหน่ง 5 ปี (ตั้งแต่ 1 มกราคม 2546) และมีรองเลขาธิการอาเซียนจำนวน 2 คน (ปัจจุบันดำรงตำแหน่งโดยชาว มาเลเซียและเวียดนาม)
สำนักงานอาเซียนแห่งชาติ หรือกรมอาเซียน (ASEAN National Secretariat) 
           เป็นหน่วยงานในกระทรวงการต่างประเทศของประเทศสมาชิก ซึ่งแต่ละประเทศได้จัดตั้งขึ้นเพื่อทำหน้าที่รับผิดชอบ ประสานงานเกี่ยวกับอาเซียนในประเทศนั้น ๆ และติดตามผลของการดำเนินกิจกรรม/ความร่วมมือต่าง ๆ สำหรับประเทศไทยนั้น ได้มีการจัดตั้งกรมอาเซียนให้มีหน้าที่รับผิดชอบในการปฏิบัติงานด้านอาเซียนดังกล่าว